Le Musée d'histoire naturelle de Fribourg permet à un large public, mais aussi aux écoles, aux administrations et aux divers milieux intéressés de s’initier aux sciences naturelles via des expositions, des ateliers pédagogiques, des visites guidées, des conférences et des publications.
Des expositions temporaires sont organisées plusieurs fois par année sur des sujets variés. Il répond aux diverses questions relatives à la flore et à la faune régionale, aux milieux naturels et aux sciences de la terre. Enfin, il inventorie, documente, conserve et enrichit les collections qui lui sont confiées et participe à des projets de recherche sur des sujets comme les objets de collection ou la biodiversité régionale.